Para conocer la historia de Holbox como pueblo es necesario remontarse a julio de 1847, mes en que dio inició la rebelión campesina más importante del siglo XIX en América Latina, conocida en la historia regional como “la guerra de castas”. Al fragor de la pólvora, los machetes ensangrentados y las detonaciones de los fusiles, fueron cayendo ciudades, pueblos y ranchos del oriente peninsular. Los pueblos de Xcan, Labcah, Yalahau y sus alrededores fueron abandonados por sus habitantes para buscar refugio en las islas cercanas.

Los primeros datos documentales de la ocupación de Holbox datan del 8 y 16 de diciembre de 1852, a través del reporte del comisionado militar Juan Díaz y el oficio del Juez De Paz de Isla Mujeres, Don Bartolomé Magaña dirigido al gobernador de Yucatán. Poco tiempo antes habitantes de la costa de tierra firme en Yalahau habían sido atacados por trescientos mayas rebeldes, tomando prisioneros a 15 vecinos cuando estos trabajaban sus milpas, dejando atrás hogares, y todo cuanto había sido su vida, buscaron refugio en holbox.

Cuando el Ejército Yucateco se entero, prohibió dicha ocupación y mando la evacuación  de la isla ante el temor de otros ataques. Sin embargo los refugiados se negaron a abandonar la isla. En 1854, los habitantes de la isla, fueron reconocidos como vecinos de Holbox, es decir, holboxeños, cuyo asentamiento estaba en la punta de la isla, conocida como el “Viejo Holbox”.

Una vez pacificada la región, se establecieron dos grandes empresas forestales con fines de exportación; las cuales indujeron la inmigración de miles de trabajadores al área, permitiendo la activación del comercio regional. Asimismo los navíos incluyeron en su ruta a Holbox.

En 1886, un huracán destruyó la isla; por lo que se ordenó el desalojo definitivo, pero los pobladores se negaron, y se opto por trasladar el pueblo al sitio actual. El flujo comercial se repuso y conllevo a la representación de autoridades aduanales y militares, así como la creación de la escuela.

El 24 de noviembre de 1902 se creó el Territorio Federal de Quintana Roo, por lo que Holbox quedó integrada como una Subprefectura del Distrito Norte.

Durante el periodo revolucionario, las compañías forestales cerraron operaciones, obligando a muchos pobladores de la isla a emigrar en busca de trabajo, pero permanecieron los pescadores.

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